La Junta Central, de acuerdo con sus Estatutos, concretamente en el artículo 5, cumple las siguientes funciones:

• Proteger sus derechos e intereses frente a terceros.
• Ordenar y vigilar el uso coordinado de sus aprovechamientos, regulando, en colaboración con la administración hidráulica, el aprovechamiento de las aguas subterráneas y superficiales utilizadas para riego y otros usos, de manera que su utilización sea más racional y tendente al mantenimiento y no sobreexplotación de los recursos de su ámbito territorial.
• Ostentará la representación y defensa colectiva de los intereses de los integrantes de la Junta, ante las entidades públicas y privadas en lo relativo al agua, sin que, en ningún caso, pueda ésta intervenir en las atribuciones privativas de las comunidades de usuarios en ella integradas.
• La adopción de las medidas para preservar el medio ambiente y el buen estado cualitativo de las masas de agua de su ámbito.
• Funciones de policía sobre los aprovechamientos hídricos integrados en la JCRMO.
• Ostentará la titularidad y realizará la gestión de las concesiones administrativas que puedan otorgársele, inclusive en régimen de servicio público, y la explotación y conservación de las infraestructuras hidráulicas que sean de su titularidad.